Cotylena 
 Jak in vitro, tak in vivo, má klotrimazol široké spektrum antimykotické aktivity, které 
zahrnuje dermatofyty, kvasinky, plísně a dimorfické houby. 
Při vhodných podmínkách testů se hodnoty MIC u těchto hub pohybují v rozsahu od 
méně než 0,062 do 4 (-8) g/ml. 
Klotrimazol  má  primárně mykostatický účinek. In  vitro aktivita  je omezena  na 
proliferativní plísně; spory plísní jsou citlivé jen nepatrně. 
 
Podle současných znalostí je antimykotický účinek klotrimazolu způsoben potlačením 
biosyntézy  ergosterolu.  Vzhledem  k  tomu,  že  ergosterol  je  esenciální  součástí 
mykotické buněčné membrány, dochází vlivem klotrimazolu k výrazným změnám ve 
složení a vlastnostech membrán (a to s určitým zpožděním, které souvisí s vyčerpáním 
zásob  ergosterolu  v  cytoplasmě  buňky).  Porucha  permeability  membrány vede  k 
rozpadu buňky.  
 
Mimo  to  klotrimazol v mykostatické koncentraci interferuje s mitochondriálními a 
peroxizomálními enzymy. Následně se toxicky zvyšuje koncentrace peroxidu vodíku, 
což pravděpodobně přispívá k zániku buňky (autodigesce peroxidem vodíku). 
 
Mimo  svůj  antimykotický  účinek  tlumí  klotrimazol in    vitro rozmnožování 
korynebakterií a grampozitivních koků, s výjimkou enterokoků, v koncentracích od 
0,5-10 μg/ml a v koncentracích 100 μg/ml působí trichomonacidně. 
Rezistence na klotrimazol je vzácná; primárně rezistentní varianty citlivých druhů jsou 
velmi vzácné, vznik sekundární rezistence   byl u  citlivých  druhů za  léčebných 
podmínek doposud pozorován jen zcela ojediněle.